Современное развитие флуоресцентных белков идёт по двум основным направлениям. Первое — окончательная «доводка» существующей палитры (от синих до жёлтых) флуоресцентных белков, полученных из медузы Aequorea victoria, а второе — усовершенствование мономерных флуоресцентных белков, испускающих в видимом диапазоне от оранжевого до дальнего красного. Прогресс, достигнутый в этих направлениях, действительно впечатляет, и появление на горизонте ближних инфракрасных флуоресцентных белков уже не кажется невообразимым.
Последнее поколение белков, выделенных из медузы, во многом восполнило дефицит первых флуоресцентных белков, особенно жёлтых и зелёных дериватов. Поиск мономерного, яркого и быстро созревающего красного флуоресцентного белка привёл к нескольким новым и интересным классам флуоресцентных белков, особенно тех, которые были выделены из кораллов. Дальнейшее расширение цветовой палитры происходит как за счёт развития существующих флуоресцентных белков, так и благодаря новым технологиям, например, внедрению искусственных аминокислот. А поскольку оптические методы спектрального разделения продолжают развиваться и становятся более распространёнными, эти новые варианты обязательно дополнят существующую палитру, особенно в жёлтом и красном участках спектра.
Сегодня в технологии флуоресцентных зондов имеет место тенденция к повышению роли красителей, флуоресцирующих в дальнем красном и ближнем инфракрасном. В клетках млекопитающих и автофлуоресценция, и поглощение света резко сокращаются на красном конце спектра. Таким образом, развитие дальних красных флуоресцентных красителей будет чрезвычайно полезным для исследования толстых образцов и животных целиком. В случае успешного использования флуоресцентных белков в качестве репортерных молекул в трансгенных системах, применение красных флуоресцентных белков в целых организмах станет в ближайшие годы чрезвычайно важным.
Наконец, только сейчас начинает осознваться огромный потенциал приложения флуоресцентных белков для создания биосенсоров. Количество различных биосенсоров стремительно растёт. Использование структурной информации приводит к постоянному повышению их чувствительности. Успехи в этом направлении вселяют уверенность в том, что почти любой биологический параметр можно будет измерить биосенсором на базе соответствующего флуоресцентного белка.