Преимуществом красных флуоресцентных белков является их потенциальная совместимость с существующими конфокальными и широкопольными микроскопами, а также высокая эффективность при наблюдении целых животных, которые значительно прозрачнее для красного света. Первый широко применяемый коралловый флуоресцентный белок был получен из Discosoma striata (Дискосомы полосатой) и обозначается DsRed (DsКрасный). Тем не менее, использование DsКрасного сопряжено с некоторыми проблемами. Созревание флуоресценции DsКрасного происходит медленно и проходит через стадию зелёного флуоресцентного свечения. Называемый зелёным состоянием, этот артефакт оказался весьма проблематичным в экспериментах по мультиокрашиванию с применением других зелёных флуоресцентных белков из-за возникающего спектрального перекрытия. Более того, DsКрасный является тетрамером и может образовывать в живых клетках большие белковые соединения. И хотя эти свойства несущественны при использовании DsКрасного в качестве репортерной группы экспрессии генов, его эффективность как метки антигенной детерминанты крайне ограничена. В отличии от флуоресцентных белков медузы, с помощью которых были помечены сотни белков, DsКрасный оказался гораздо менее успешным, а часто и токсичным. Некоторые проблемы DsКрасных флуоресцентных белков были преодолены с помощью мутагенеза. Второе поколение DsКрасных, известное как DsRed2 (DsКрасный2), несёт в себе несколько мутаций в пептидно-аминном сайте терминации транскрипции, которые предотвращают формирование белковых групп и сокращают токсичность. Белок DsКрасный2 по-прежнему образует тетрамер, но более сочетаемый с зелёными флуоресцентными белками в экспериментах по мультиокрашиванию благодаря более быстрому созреванию. Дальнейшее сокращение времени созревания было реализовано в третьем поколении DsКрасных мутантов, которые также демонстрировали повышенную яркость по сравнению с пиком клеточной флуоресценции.
