Синий и голубой варианты зелёного флуоресцентного белка получаются прямой модификацией тирозинового остатка в позиции 66 (Тир-66) в исходном флуророфоре. Конверсия этой аминокислоты в гистидин приводит к синему свечению с максимумом на 450 нанометрах, а конверсия в триптамин — к основному пику флуоресценции на 480 нанометрах с плечом на длине около 500 нанометров. Оба красителя флуоресцируют весьма слабо, и для повышения эффективности укладки и общей яркости требуются вторичные мутации. Поэтому для них требуются специальные наборы фильтров и лазерные излучатели.
Несмотря на недостатки синего и голубого флуоресцентного белка широкий интерес к экспериментам по мультиокрашиванию и FRET привёл к росту их применения во многих приложениях. Среди усовершенствованных голубых флуоресцентных белков AmCyan1 (AmГолубой1) и усиленный голубой вариант, называемый Cerulean (Лазурный) оказались наиболее перспективными. Полученный из рифового коралла, Anemonia majano, вариант флуоресцентного белка AmГолубой1 был оптимизирован кодонами человека для достижения относительно высокого уровня яркости и стойкости к фотообесцвечиванию при экспрессии в клетках млекопитающих по сравнению с усиленным голубым флуоресцентным белком. Лазурный минимум в 2 раза ярче усиленного голубого флуоресцентного белка и в экспериментах по FRET.